南通支云足球俱乐部（Nantong Zhiyun Football Club）是一家位于中国江苏省南通市的职业足球俱乐部，成立于2016年1月，是南通首支职业足球队，球队主场位于如皋奥林匹克体育中心，现征战中国足球协会甲级联赛。
2015年底，南通支云足球俱乐部收购了广西龙桂达足球俱乐部及中乙资格，2016年1月，南通首支职业足球队——支云队成立，以南通为主场出征中国足球协会乙级联赛。
2018年，南通支云获中乙联赛亚军，升入中国足球协会甲级联赛。2019赛季中甲联赛南通支云以8胜9平13负位列积分榜第12名，中甲元年保级成功。
2021年8月18日，主教练谢晖因酒后不当言论被停职。8月22日，谢晖辞去主教练职务。8月26日，曹睿成为球队新任一线队主教练。